Odůvodnění
7 Afs 230/2025 - 56
ČESKÁ REPUBLIKA
R O Z S U D E K
J M É N E M R E P U B L I K Y
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého, soudkyně Jiřiny Chmelové a soudce Davida Hipšra v právní věci žalobkyně: QTG IT SYSTEM s.r.o., se sídlem Cimburkova 916/8, Praha 3, zastoupená Mgr. Danielem Tobolou, advokátem se sídlem Revoluční 764/17, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 23. 10. 2025, č. j. 5 Af 31/2020‑177,
takto:
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Dodatečným platebním výměrem ze dne 16. 8. 2019, č. j. 6896993/19/2003‑52521‑109765, doměřil Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále „správce daně“) žalobkyni daň z příjmů za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 ve výši 3 401 000 Kč a současně rozhodl o povinnosti uhradit penále z doměřené daně ve výši 680 200 Kč. Učinil tak na základě výsledků daňové kontroly, podle nichž žalobkyně neoprávněně zahrnula do daňově účinných nákladů částku 18 341 549,50 Kč, aniž by prokázala, že se jednalo o náklady vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů dle § 24 odst. 1 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále „zákon o daních z příjmů“). Jednalo se o platby za údajné služby poskytované společností Softriumph International LLC (dále „STI“), zejména o dodávku dat pro systém žalobkyně. Správce daně současně snížil základ daně o částku 440 812,50 Kč, kterou naopak žalobkyně nezahrnula do daňově účinných nákladů. Proti dodatečnému platebnímu výměru podala žalobkyně odvolání, avšak žalovaný jej rozhodnutím ze dne 3. 8. 2020, č. j. 28994/20/5200‑11431‑712032, zamítl a dodatečný platební výměr potvrdil.
[2] Rozhodnutí žalovaného žalobkyně napadla žalobou podanou k Městskému soudu v Praze. Ten rozhodnutí žalovaného rozsudkem ze dne 29. 2. 2024, č. j. 5 Af 31/2020‑86 (dále „první rozsudek městského soudu“), zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. Na základě kasační stížnosti žalovaného ovšem Nejvyšší správní soud první rozsudek městského soudu zrušil svým rozsudkem ze dne 24. 2. 2025, č. j. 8 Afs 78/2024‑83 (dále „rozsudek osmého senátu“). Nejvyšší správní soud konstatoval, že daňové orgány v řízení unesly důkazní břemeno ve vztahu k vyjádření důvodných pochybností podle § 92 odst. 5 písm. c) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ohledně faktického uskutečnění fakturovaného plnění od společnosti STI a dále k tomu, zda žalobkyně za fakturované plnění od společnosti STI zaplatila. Jedná‑li se o úvahy městského soudu o rozptýlení (některých, podle městského soudu relevantních) pochybností ze strany žalobkyně, Nejvyšší správní soud upozornil na to, že tyto úvahy jsou nepřezkoumatelné, neboť městský soud dostatečně nezdůvodnil, proč má za to, že došlo k rozptýlení vyjádřených pochybností. S ohledem na právní názor o tom, že daňové orgány vyjádřily důvodné pochybnosti náležitě, se navíc stalo hodnocení pouze některých dílčích pochybností zcela nedostatečným. Nejvyšší správní soud tak zavázal městský soud, aby v dalším řízení posoudil v souvislostech všechny vyjádřené pochybnosti ve vztahu k uskutečnění plnění a vyhodnotil, zda se je žalobkyni podařilo rozptýlit – a tedy zda žalobkyní doložené důkazní prostředky přinášejí dostatečnou míru pravděpodobnosti, že sporné plnění bylo fakticky poskytnuto (a zda za něj bylo zaplaceno). Městský soud měl rovněž v dalším řízení posoudit, zda je třeba provést důkaz znaleckým zkoumáním systému Symphony za účelem prokázání toku dat do tohoto systému.
[3] Městský soud o věci samé znovu rozhodl rozsudkem označeným v záhlaví, jímž žalobu zamítl. V něm opětovně shrnul pochybnosti daňových orgánů, které byly vyjádřeny v daňovém řízení. V návaznosti na rozsudek osmého senátu konstatoval, že tyto pochybnosti byly vysloveny důvodně. Městský soud v dalším řízení primárně zkoumal, zda žalobkyně svou pozdější důkazní aktivitou vyjádřené pochybnosti rozptýlila. Uzavřel, že pochybnosti se jí prostřednictvím jejích dodatečných tvrzení a důkazních návrhů rozptýlit nepodařilo. Daňové orgány proto nepochybily, pokud náklady související se sporným plněním neuznaly. Dříve navrhovaný důkaz přezkoumáním softwaru Symphony městský soud neprovedl, neboť samotné fungování tohoto softwaru nebylo sporné. Klíčovým prvkem sporu naopak bylo, z jakého zdroje pocházela vstupní data pro systém žalobkyně. Jedná‑li se o důkazy navržené v návaznosti na rozsudek osmého senátu, ani ty městský soud neprovedl, neboť možnost dalšího dokazování je ve správním soudnictví, jedná‑li se o otázku unesení důkazního břemene v daňovém řízení, omezena, a to kvůli skutečnosti, že správní soud má přezkoumávat, zda daňový subjekt v daňovém řízení unesl či neunesl důkazní břemeno. Zásada plné jurisdikce v tomto případě neznamená, že by daňový subjekt mohl „dohnat“ předchozí liknavost ve vztahu k dokazování teprve v soudním řízení. Žalobkyně měla možnost navrhované důkazy navrhnout již v daňovém řízení, v němž proběhlo dokazování souladně s § 8 odst. 1 daňového řádu.
II. Kasační stížnost
[4] Proti rozsudku městského soudu označenému v záhlaví podala žalobkyně (dále „stěžovatelka“) kasační stížnost. Upozornila, že po prvním (zrušujícím) rozsudku městského soudu žalovaný změnil svým rozhodnutím ze dne 17. 7. 2024, č. j. 21716/24/5200‑11431‑712032, dodatečný platební výměr ve prospěch stěžovatelky. S ohledem na uplynutí prekluzivních lhůt již není možné opětovně změnit rozhodnutí o daňové povinnosti za zdaňovací období let 2013 a 2014. Ponechání napadeného rozsudku v právní moci by v tomto směru znamenalo definitivní zásah do práv stěžovatelky bez možnosti právní obrany.
[5] Stěžovatelka dále měla za to, že městský soud nerespektoval závazný právní názor uvedený v rozsudku osmého senátu. Podle jejího přesvědčení kasační soud nezrušil první rozsudek městského soudu kvůli neunesení důkazního břemene stěžovatelky, ale proto, že se městský soud nevypořádal se všemi pochybnostmi správce daně. Namísto toho, aby městský soud hodnotil pochybnosti ve vzájemných vazbách, v napadeném rozsudku pouze převzal argumentaci žalovaného a formalisticky uzavřel, že stěžovatelka neprokázala, že by jí deklarované plnění poskytla společnost STI. Bez odpovídajícího zdůvodnění rovněž změnil svůj dřívější závěr o tom, které z pochybností považuje za relevantní.
[6] Nejvyšší správní soud rovněž výslovně uložil městskému soudu, aby znovu posoudil potřebu provedení důkazu znaleckým zkoumáním vztahujícím se k toku dat do stěžovatelčina systému. Podle stěžovatelky po technické stránce nebyla podstatou sporu existence softwaru Symphony jako takového, ale softwarové komponenty (konektoru) určené k přijímání dat od společnosti STI a jejich ukládání do lokální databáze. K tomu směřoval i důkazní návrh znaleckého zkoumání, který mohl posílit míru pravděpodobnosti, že data od společnosti STI skutečně vstupovala do systému stěžovatelky. Městský soud nicméně jen převzal argumentaci daňových orgánů k funkčnosti systému Symphony jako celku. Stěžovatelka ve vztahu k dokazování upozornila také na svědeckou výpověď Ing. B. z trestního řízení vedeného u téhož soudu (sp. zn. 47 T 7/2024). Tento svědek poukázal na technické limity zdroje některých dat, tj. systému Amadeus, a vyloučil, že by stěžovatelka mohla vytvářet svou databázi opakovaným čerpáním dat z tohoto systému (takový postup by byl v rozporu s uzavřenou smlouvou a kontrolními mechanismy systému). Odmítnutím doplněných tvrzení a navržených důkazů městský soud bez jakéhokoli posouzení jejich vypovídací hodnoty rovnou stanovil jejich limity, resp. nahradil dokazování domněnkou soudu. Namísto komplexních skutkových zjištění se spokojil s poukazem na „podezřelost“ některých okolností, které však samy nevyvracely poskytování plnění. Zejména výpověď svědka Ing. B. v trestním řízení přitom nemůže představovat opožděný důkazní návrh, který bylo možné uplatnit již v daňovém řízení, neboť vznikla až po jeho skončení. Obsah této výpovědi byl zjištěn až ex post v jiném soudním řízení. Stěžovatelka konstatovala, že městský soud tedy neposoudil všechny pochybnosti ve vzájemných souvislostech.
[7] Řádné zohlednění obsahu výpovědi svědka Ing. B. by dle stěžovatelky vedlo k vyvrácení hypotézy daňových orgánů o tom, že k poskytování plnění od společnosti STI fakticky nedocházelo. Městský soud při posouzení věci aplikoval kritéria pro běžné subdodavatelské vztahy a nezohlednil specifickou okolnost, že se jednalo o automatizovanou dodávku nehmotných dat. Pochybnosti odvozené z chybějících školení, osobní komunikace, zaměstnanců nebo kancelářského zázemí nejsou přiléhavé, neboť přenos dat probíhal bez lidského faktoru. Převzetí závěru žalovaného o absenci personálního a materiálního zázemí společnosti je navíc chybné. Protože daná společnost měla charakter „non‑resident LLC“, nepodnikala na území USA, čímž zde nemá zaměstnance ani kanceláře. Městský soud však tuto realitu ignoroval a z absence zázemí společnosti STI v USA nesprávně dovodil pochybnost o faktickém poskytnutí plnění. Vadné je i hodnocení otázky skutečných vlastníků společnosti STI, neboť je v rozporu s dalšími důkazy obsaženými ve spise, včetně zpráv z mezinárodní výměny informací a notářsky ověřeného prohlášení ředitele STI. Také přijetí plateb bylo potvrzeno tímto prohlášením. Další požadavky na stěžovatelku již představují nepřípustný formalismus, který nemá oporu v zákoně.
[8] Podle stěžovatelky je napadený rozsudek zatížen i vadou spočívající v nesprávném hodnocení důkazů. Důvody, které předkládá městský soud ke svému závěru o neunesení důkazního břemena stěžovatelkou, jsou rozporné se zásadou volného hodnocení důkazů, požadavky na soudní přezkum i závazným názorem Nejvyššího správního soudu. Městský soud v napadeném rozsudku pouze reprodukoval závěry daňových orgánů, nicméně jeho úkolem bylo posoudit relevanci a váhu vyjádřených pochybností. V napadeném rozsudku chybí skutečné posouzení, zda pochybnosti byly předloženými důkazy rozptýleny a zda mají vypovídací hodnotu ve vztahu k jádru sporu. Požadavek městského soudu, aby určitá svědecká výpověď sama prokazovala dodávku dat společností STI, již představuje nepřípustné přepínání důkazního břemene. Totéž platí i o závěru městského soudu o tom, že ač systém Symphony data potřeboval, neprokazuje tato okolnost, že data poskytla společnost STI. Městský soud tím vlastně požadoval, aby stěžovatelka vyloučila jakoukoli hypotetickou alternativu původu dat, což není realistické. Daňový subjekt podle jejího přesvědčení není povinen vyvracet spekulativní hypotézy.
[9] Stěžovatelka také připomněla, že otázka, zda fakticky došlo k poskytování dat od společnosti STI, se odvíjí od logické úvahy, zda stěžovatelka vstupní data ke své ekonomické činnosti nezbytně potřebovala a zda tato data nebyla poskytována jiným subjektem. Městský soud připustil, že systém Symphony fungoval a generoval výnosy, ale současně rezignoval na posouzení, odkud se nezbytná zdrojová data do tohoto systému dostala. Přestože tedy stěžovatelka vstupní data potřebovala, daňové orgány odmítly uznat náklady na jejich pořízení. Jelikož městský soud nenabídl alternativní skutkové vysvětlení původu dat, jsou jeho závěry vnitřně rozporné a nepřezkoumatelné.
III. Následná vyjádření
[10] Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti ztotožnil s napadeným rozsudkem. Jde‑li o tvrzené nerespektování závazného právního názoru NSS, poznamenal, že rozsudek osmého senátu je založen na názoru, že daňové orgány unesly své důkazní břemeno ve vztahu k vyjádřeným pochybnostem, přičemž nebylo namístě, aby městský soud členil pochybnosti na relevantní a nerelevantní. Městský soud měl posoudit, zda stěžovatelka dalším dokazováním unesla důkazní břemeno, které na ni bylo přeneseno, což učinil v bodě 45 a násl. napadeného rozsudku. Závazný názor tak byl respektován. Pokud jde o potřebu dokazování znaleckým zkoumáním systému Symphony, ta byla vyhodnocena jak v napadeném rozhodnutí, tak i v rozsudku tím způsobem, že jde o nadbytečný důkaz, neboť předmětem sporu není otázka, zda daný systém uměl přenášet a zpracovávat data, ale to, zda tok dat reálně plynul od společnosti STI. Znalecké přezkoumání systému by proto pochybnosti daňových orgánů nijak nerozptýlilo, a protože údajné dodávky dat od společnosti STI byly později ukončeny, nelze již demonstrovat ani způsob dodávky dat od STI. Ohledně tvrzení o návrhu stěžovatelky na demonstraci dodávky dat již v průběhu kontroly žalovaný odkázal na závěry rozsudku osmého senátu, podle kterého nic takového ze spisu nevyplývá.
[11] K apelu na logickou úvahu založenou na tom, že vstupní data ke své činnosti nezbytně potřebovala a současně tato data nebyla stěžovatelce poskytována žádným jiným subjektem (resp. to nebylo prokázáno), žalovaný poznamenal, že stěžovatelka od roku 2004 spolupracovala se společností Amadeus. Měla tak k dispozici licenci pro připojení do globálních distribučních systémů (GDS). Data týkající se posuzovaného plnění šlo i dle dřívějšího tvrzení stěžovatelky získávat z GDS. Nemělo proto opodstatnění získávat daná data i přes prostředníka, kterým měla být společnost STI, navíc v situaci, kdy spolupráce se společností Amadeus vylučovala možnost spolupracovat s konkurenčními GDS. Ohledně odkazu na svědeckou výpověď Ing. B. z trestního řízení a dalších nově navrhovaných důkazů žalovaný ve shodě s městským soudem upozornil, že nové důkazy nesplňují podmínky přípustnosti dokazování před správním soudem, neboť je bylo možné navrhnout již v daňovém řízení. Skutečnost, že v roce 2024 bylo zahájeno trestní stíhání jednatelů stěžovatelky, nemá vliv na odstranění pochybností správce daně v rámci daňového řízení, které bylo ukončeno v roce 2020. Ze svědecké výpovědi Ing. B., který se stal prokuristou a jednatelem společnosti Amadeus až v roce 2015, resp. 2017, navíc nevyplývá, že data stěžovatelce poskytovala společnost STI. Z tvrzení, že stěžovatelka získávala data i jinak než GDS, nelze dovozovat, že stěžovatelka je v kontrolované době získávala právě od uvedené společnosti. Ke specifičnosti plnění (vyplývající z automatizované dodávky dat) žalovaný odkázal na napadený rozsudek i předchozí rozsudek osmého senátu a zrekapituloval některé vyslovené pochybnosti. Tvrdila‑li stěžovatelka, že v nich obsažené úvahy jsou nepodložené či chybné, žalovaný upozornil, že důkazní břemeno tížilo stěžovatelku, tudíž to byla ona, kdo měl prokazovat svá tvrzení.
[12] Na vyjádření žalovaného reagovala stěžovatelka replikou. Zdůraznila, že rozsudek osmého senátu neurčil finální řešení věci, ale uložil městskému soudu povinnost komplexně posoudit, zda se stěžovatelce podařilo rozptýlit pochybnosti daňových orgánů. Městský soud však na toto posouzení rezignoval a pouze převzal argumentaci žalovaného. Klíčové je, že i nadále zůstala bez odpovědi zásadní otázka, odkud pocházela vstupní data nezbytná pro provoz systému Symphony. Pokud to nebylo od STI, měl městský soud uvést alternativní zdroj. Stěžovatelka trvala na tom, že k odstranění pochybností mohl přispět soubor jí navrhovaných důkazů, nicméně ty byly odmítnuty formalistickým výkladem městského soudu o koncentraci řízení. V situaci, kdy byl městský soud vázán k provedení komplexního posouzení unesení důkazního břemene, takové odmítnutí nebylo možné.
IV. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem
[13] Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti nejprve hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení. Kasační stížnost má požadované náležitosti, byla podána včas a oprávněnou osobou. Stěžovatelka je rovněž řádně zastoupena.
[14] Kasační stížnost není důvodná.
IV.a K přípustnosti kasační stížnosti
[15] Při hodnocení přípustnosti kasační stížnosti Nejvyšší správní soud vyšel z § 104 odst. 3 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále „s. ř. s.“), podle něhož je nepřípustná kasační stížnost proti rozhodnutí, jímž soud rozhodl znovu poté, kdy jeho původní rozhodnutí bylo zrušeno Nejvyšším správním soudem; to neplatí, je‑li jako důvod kasační stížnosti namítáno, že se soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu. Účelem tohoto ustanovení je, aby se Nejvyšší správní soud opakovaně nezabýval věcí (resp. otázkou), u které již jednou vyslovil svůj závazný právní názor; to za předpokladu, že byl závazný právní názor respektován. Jestliže tedy účastník řízení rozporuje závěry krajského (městského) soudu, v nichž je přejímán právní názor Nejvyššího správního soudu vyjádřený v jeho předchozím rozsudku, je tato kasační argumentace podle § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. zpravidla nepřípustná (např. usnesení NSS ze dne 28. 4. 2015, č. j. 8 Afs 16/2015‑64, bod 18; srov. též nález Ústavního soudu ze dne 2. 7. 2019, sp. zn. III. ÚS 926/19, bod 23). Polemika se závaznými právními názory k určité právní otázce, které v konkrétní věci závazně vyslovil Nejvyšší správní soud, totiž s ohledem na právní jistotu účastníků řízení již nemůže vést k přehodnocování rozsouzených otázek.
[16] Stěžovatelka v kasační stížnosti zejména namítala, že městský soud se neřídil závazným právním názorem z rozsudku osmého senátu, neboť komplexně neposoudil unesení důkazního břemene ze strany stěžovatelky a pouze formalisticky převzal závěry žalovaného a současně nesprávně vyhodnotil potenciál navrhovaných důkazů přispět k řádnému zjištění skutkového stavu. Z tohoto hlediska nelze dovodit celkovou nepřípustnost kasační stížnosti, neboť k tomu, zda stěžovatelka v návaznosti na vyslovené pochybnosti daňových orgánů unesla své důkazní břemeno, se rozsudek osmého senátu blíže věcně nevyjadřoval – v případě této otázky dovodil toliko nepřezkoumatelnost úvah městského soudu (viz body 35 až 40 rozsudku osmého senátu; srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009‑165, č. 2365/2011 Sb. NSS).
[17] Na druhou stranu však stěžovatelka v kasační stížnosti rozvinula i polemiku ohledně důvodnosti vyslovených pochybností ze strany daňových orgánů. Konkrétně uvedla, že pochybnosti vyplývající z chybějících školení, osobní komunikace, zázemí společnosti STI, identifikace skutečných vlastníků společnosti STI či způsobu provádění a následného vybírání plateb nejsou relevantní pro případ automatizovaného přenosu dat, a že tedy městský soud nezohlednil specifičnost plnění a uplatnil vůči stěžovatelce standardní, avšak pro nynější situaci nepřiléhavá kritéria pro subdodavatelské vztahy. Tím však stěžovatelka polemizuje se závěry rozsudku osmého senátu o tom, že vyjádřené pochybnosti jsou ve svém souhrnu schopné zpochybnit jí předložené podklady a že městský soud pochybil, pokud pochybnosti členil na relevantní a nerelevantní (viz body 15 až 35 rozsudku osmého senátu). Tato stěžovatelčina polemika s městským soudem je ve skutečnosti polemikou se závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu, který městský soud převzal. S ohledem na výše uvedené závěry judikatury je tato argumentace v řízení o opakované kasační stížnosti nepřípustná, neboť Nejvyšší správní soud nemůže v nynějším řízení přehodnocovat jednou vyslovený právní názor k dané otázce.
IV.b K nepřezkoumatelnosti napadeného rozsudku
[18] Nejvyšší správní soud dále posuzoval, zda je napadený rozsudek přezkoumatelný. Nepřezkoumatelnost připadá v úvahu spíše výjimečně, zejména není‑li vůbec patrné, jak byly hodnoceny podstatné důvody či skutečnosti uplatněné v rámci námitek (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016‑123, č. 3668/2018 Sb. NSS, bod 29). Má‑li být soudní rozhodnutí přezkoumatelné, musí z něj být zřejmé, jaký skutkový stav vzal soud za prokázaný a jak posoudil skutečnosti mající pro věc zásadní význam (např. rozsudky NSS ze dne 18. 10. 2005, č. j. 1 Afs 135/2004‑73, či ze dne 8. 4. 2004, č. j. 4 Azs 27/2004‑74). Krajský (městský) soud nicméně nemá povinnost vypořádat se s každým dílčím tvrzením či argumentem, postaví‑li proti tvrzení účastníka řízení ucelenou argumentaci, z níž dovodí, že jeho námitky jako celek neobstojí (rozsudky NSS ze dne 27. 2. 2019, č. j. 8 Afs 267/2017‑38, bod 16, ze dne 11. 5. 2023, č. j. 6 Afs 34/2022‑31, bod 11, nebo ze dne 13. 9. 2023, č. j. 7 Afs 69/2022‑33, bod 12).
[19] Nepřezkoumatelnost pro nedostatek důvodů dále nemůže být založena tím, že odůvodnění rozhodnutí krajského (městského) soudu je pouze stručné či argumentačně chudé, popř. že soud nevyvracel každý dílčí argument žaloby (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016‑123, č. 3668/2018 Sb. NSS, body 29 a 30, či rozsudek NSS ze dne 6. 11. 2023, č. j. 10 As 276/2021‑110, bod 12). Rovněž platí, že správní soud může s osvojující poznámkou převzít závěry napadeného správního rozhodnutí, považuje‑li je za správné a ztotožňuje‑li se s nimi (rozsudek NSS ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005‑130, č. 1350/2007 Sb. NSS).
[20] Nejvyšší správní soud nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku pro nedostatek důvodů neshledal. Městský soud z hlediska výše citované judikatury mohl vypořádat otázku unesení důkazního břemene ze strany stěžovatelky i tak, že si osvojí závěry rozhodnutí žalovaného. V této věci nicméně městský soud provedl i vlastní posouzení, kdy navázal na závěry rozsudku osmého senátu a reagoval na žalobní body. Městský soud se rovněž vyjádřil k navrhovaným důkazům a zdůvodnil, proč je neprovedl. Úkolem městského soudu v řízení o žalobě po zrušujícím rozsudku osmého senátu nebylo zodpovědět skutkovou otázku, odkud tedy v rozhodném období pocházela data do systému Symphony. Městský soud měl s ohledem na procesní situaci nastalou v daňovém řízení (řádné vyjádření důvodných pochybností ze strany daňových orgánů) toliko posuzovat, zda stěžovatelka dokázala svými důkazními návrhy tyto pochybnosti rozptýlit. To městský soud učinil zejména v bodech 44 až 52 napadeného rozsudku, kde učinil jednoznačný závěr o tom, že stěžovatelce se důkazní břemeno unést nepodařilo.
[21] Jestliže stěžovatelka namítá i to, že napadený rozsudek je nepřezkoumatelný pro vnitřní rozpornost, neboť městský soud na jedné straně uznává, že stěžovatelka potřebovala vstupní data, avšak současně rezignuje na posouzení, odkud se vstupní data do systému dostala a proč odmítá uznat náklady jejich pořízení, nelze jí přisvědčit. Napadený rozsudek, stejně jako předchozí rozhodnutí žalovaného vycházely mj. z vyjádřené pochybnosti, že stěžovatelka měla využívat zprostředkovatele dat (společnost STI) v situaci, kdy měla na základě licence k dispozici přístup do GDS Amadeus. Byla to stěžovatelka, která z hlediska rozdělení důkazního břemene měla po vyjádření pochybností dále prokazovat tvrzenou skutečnost, tedy zejména faktické poskytnutí plnění od společnosti STI. Městský soud pak měl v řízení o žalobě posoudit, zda se jí vyjádřené pochybnosti podařilo rozptýlit. Protože se stěžovatelce dle městského soudu rozptýlit pochybnosti nepodařilo, nemohlo jít o daňově účinný náklad. Městský soud v řízení o žalobě nemohl nahrazovat stěžovatelčinu iniciativu a doplňovat její tvrzení (či popř. dále rozvíjet pochybnosti žalovaného), neboť řízení před správními soudy ovládá zásada dispoziční (srov. např. rozsudky NSS ze dne 11. 9. 2025, č. j. 1 Afs 237/2024‑58, bod 37, ze dne 5. 6. 2025, č. j. 1 As 313/2024‑140, bod 16, či ze dne 6. 3. 2026, č. j. 7 Afs 83/2025‑32, bod 20). Kasační soud tak považuje napadený rozsudek za konzistentní a srozumitelný, žádný vnitřní rozpor v něm neshledal. Ani vadou nepřezkoumatelnosti z důvodu vnitřní rozpornosti tak napadený rozsudek netrpí (srov. např. rozsudek NSS ze dne 25. 4. 2013, č. j. 6 Ads 17/2013‑25, bod 19).
IV.c K důkazním návrhům a způsobu vyhodnocení skutkového stavu
[22] Stěžovatelka namítala také vadu soudního řízení spočívající v neprovedení navržených důkazů, přičemž odkazovala především na důkazní potenciál svědecké výpovědi Ing. B. z hlavního líčení v trestním řízení, která přináší nové skutečnosti, které podle ní nebylo možné dříve zohlednit. Tím, že městský soud neumožnil přijetí plnění od STI dále prokazovat, nepřípustně nahradil dokazování domněnkami soudu. Požadavek městského soudu na to, aby svědecká výpověď sama prokazovala faktické plnění od STI, měla stěžovatelka za nepřípustné „přepínání“ důkazního břemene a popření zásady volného hodnocení důkazů. Nadto i samo hodnocení důkazů bylo podle stěžovatelky provedeno jen formálně, což zakládá rozpor se závazným právním názorem uvedeným v rozsudku osmého senátu, podle něhož byl městský soud povinen provést komplexní zhodnocení. Nejvyšší správní soud ani této argumentaci nepřisvědčil.
[23] Co se týče důkazních návrhů uplatněných v průběhu soudního řízení, již městský soud stěžovatelce v bodě 56 napadeného rozsudku vysvětlil, že je‑li přezkoumávána zákonnost rozhodnutí vydaného v daňovém řízení a otázka unesení důkazního břemene, není možné s odkazem na princip plné jurisdikce důkazy předkládat teprve v soudním řízení, a tím „dohánět“ svou procesní aktivitu z daňového řízení. Nejvyšší správní soud se s tímto názorem ztotožňuje a dodává, že daný závěr městského soudu plně koresponduje s konstantní judikaturou, podle níž přezkoumává‑li soud v řízení otázku, zda daňový subjekt unesl v daňovém řízení důkazní břemeno, je možnost, že by důkazní břemeno unesl teprve nově předloženými důkazy před správním soudem, vyloučena. Jelikož soudní řízení není pokračováním daňového řízení, neunesení důkazního břemene v daňovém řízení není možné „dohánět“ před správními soudy (např. rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2018, č. j. 9 Afs 305/2017‑135, bod 66, ze dne 10. 9. 2015, č. j. 4 As 133/2015‑57, ze dne 22. 5. 2009, č. j. 2 Afs 35/2009‑91, č. 1906/2009 Sb. NSS, dále např. rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 5 Afs 116/2025‑41, bod 21, ze dne 24. 2. 2023, č. j. 6 Afs 310/2021‑33, bod 16, či ze dne 27. 5. 2026, č. j. 7 Afs 143/2025‑87, bod 15). Důkazní návrhy předložené v soudním řízení tak městský soud s ohledem na to, že předmětem řízení je otázka unesení důkazního břemene v daňovém řízení, správně neprovedl.
[24] Jestliže stěžovatelka k těmto závěrům namítá, že v případě obsahu svědecké výpovědi Ing. B. vyšly najevo nové skutečnosti, které nemohly být uplatněny v předchozím řízení, Nejvyšší správní soud konstatuje, že stěžovatelce v daňovém řízení nic nebránilo výpověď svědka Ing. B. navrhnout. To, že určité skutečnosti byly od uvedeného svědka zjišťovány v jiném typu soudního řízení, které probíhalo až po vydání rozhodnutí žalovaného, nic nemění na závěru, že stěžovatelka měla možnost navrhnout důkaz svědeckou výpovědí Ing. B. v daňovém řízení. Závěry výše uvedené judikatury k otázce případného zhojení liknavosti daňového subjektu v daňovém řízení tak lze vztáhnout i na tento důkazní návrh.
[25] Současně kasační soud nad rámec nutného odůvodnění doplňuje, že i kdyby byl důkaz obsahem svědecké výpovědi Ing. B. z hlavního líčení v trestním řízení proveden, nevedl by k rozptýlení souhrnu pochybností daňových orgánů a k unesení důkazního břemene stěžovatelky. Svědek totiž uvedl, že vstupní data umožňující funkčnost systému Symphony mohla pocházet z GDS Amadeus, byť současně nevyloučil, že data do systému stěžovatelky teoreticky mohl poskytnout i někdo jiný nebo vstupní data mohla pocházet z více zdrojů. Svědek však neznal konkrétní alternativu, která by data do systému stěžovatelky doplňovala či nahrazovala, a neznal ani společnost STI. Tato svědecká výpověď by tedy nemohla přinést unesení stěžovatelčina důkazního břemene, neboť vůbec neprokazuje, že stěžovatelka fakticky realizovala tok zdrojových dat od společnosti STI. Tato výpověď pouze ozřejmuje, že v kontrolovaném období existovalo více alternativ, jak naplnit systém stěžovatelky potřebnými zdrojovými daty, a že licence do GDS Amadeus byla z hlediska poskytovaných dat určitým způsobem omezená. To však nic nemění na tom, že v této věci jde prvořadě o prokázání tvrzení stěžovatelky, že data pro její systém byla získávána konkrétně od společnosti STI, s tím, že v dané procesní situaci tížilo důkazní břemeno stěžovatelku.
[26] Nejvyšší správní soud dále konstatuje, že požadavek na prokázání toku dat od společnosti STI nepředstavuje neúměrné přepínání důkazního břemene tížícího stěžovatelku. Je pravdou, že daňové orgány podle dosavadní judikatury nemohou po daňovém subjektu požadovat takový důkazní standard, který prakticky vylučuje, aby unesl své důkazní břemeno, a to zejména v situaci, kdy je plynutím času možnost jeho unesení ztížena. Postačí tedy tvrzené skutečnosti prokázat dostatečnou míru pravděpodobnosti, přičemž daňové orgány musí tuto míru pravděpodobnosti nastavit rozumně tak, aby daňový subjekt své důkazní břemeno dokázal unést. Daná míra pravděpodobnosti však bude zpravidla naplněna jen tehdy, pokud bude z provedených důkazů možné učinit daný závěr bez vážných pochybností (např. rozsudky NSS ze dne 12. 3. 2020, č. j. 7 Afs 434/2018‑37, ze dne 16. 1. 2020, č. j. 8 Afs 23/2018‑37, ze dne 18. 9. 2023, č. j. 7 Afs 53/2023‑67, či ze dne 25. 11. 2024, č. j. 3 Afs 30/2023‑48; dále viz nález Ústavního soudu ze dne 20. 8. 2014, sp. zn. I. ÚS 173/13, bod 30). V nynější věci k žádnému přepínání důkazního břemene (požadování nesplnitelného důkazního standardu) nedošlo. Stěžovatelka měla prostor vyvrátit důvodné pochybnosti daňových orgánů o faktické existenci plnění od společnosti STI, ale jí předložené důkazy v daňovém řízení nebyly schopny s dostatečnou mírou pravděpodobnosti podložit její tvrzení o faktickém přijetí plnění (blíže k unesení důkazního břemene viz dále). Pokud stěžovatelka uplatnila určitý náklad jako daňově účinný, musela si být vědoma, že může být dále vyzvána k prokazování existence plnění. Ani ve specifickém případě automatizované dodávky dat není možnost předložit odpovídající podklady prokazující faktickou existenci plnění zcela vyloučena (data jsou sice nehmotná, avšak smysly rozpoznatelná věc, a jejich tok tedy může být předmětem dokazování). Skutečné vynaložení nákladu je přitom podmínkou pro to, aby mohlo jít o náklad snižující základ daně podle § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů (např. rozsudek NSS ze dne 4. 5. 2017, č. j. 10 Afs 235/2015‑72, bod 19).
[27] Pokud jde o tvrzené pochybení městského soudu při hodnocení důkazů, Nejvyšší správní soud již výše zdůraznil, že správní soud případně může s ohledem na hospodárnost a ekonomii řízení převzít, popř. odkázat na odůvodnění (nebo jeho část) obsažené ve správním rozhodnutí, má‑li za to, že toto odůvodnění věcně obstojí (např. rozsudek NSS ze dne 26. 9. 2024, č. j. 6 Afs 168/2023‑44, či ze dne 15. 4. 2026, č. j. 8 Afs 143/2025‑38). Tento postup tak nemůže sám o sobě představovat procesní vadu, která by mohla založit nezákonnost napadeného rozsudku. V napadeném rozsudku se nicméně objevuje i vlastní úvaha městského soudu (body 44 až 63 napadeného rozsudku), nejde jen o formální přepis rozhodnutí žalovaného. Není tedy pravdou, že by městský soud v napadeném rozsudku rezignoval na vlastní posouzení, jak se domnívala stěžovatelka.
[28] Kasační soud rovněž nemá za to, že by městský soud nerespektoval závazný právní názor z rozsudku osmého senátu. Osmý senát NSS v bodě 27 napadeného rozsudku poznamenal, že pochybnosti vyjádřené správcem daně jsou způsobilé zpochybnit faktické uskutečnění plnění od společnosti STI (i to, že za něj bylo této společnosti zaplaceno), a dále v bodech 39 a 40 kasačně závazného rozsudku uvedl, že „(v) dalším řízení tak městský soud znovu posoudí ve vzájemných souvislostech všechny správcem daně popsané pochybnosti, tedy nejen ty, které považoval ve vztahu k uskutečnění plnění a platbám za něj za „relevantní“, a to z hlediska toho, zda se tu či onu pochybnost podařilo žalobkyni rozptýlit. Městský soud se tak bude v dalším řízení podrobně zabývat tím, zda se žalobkyni podařilo odstranit pochybnosti správce daně, a zda tvrzení žalobkyně a jí doložené podklady přinášejí dostatečnou míru pravděpodobnosti o tom, že plnění od STI (včetně plateb za něj) bylo skutečně poskytnuto. Městský soud tedy rovněž znovu posoudí, zda je třeba provést důkaz znaleckým posudkem k prokázání toku dat do systému Symphony. Přitom zohlední i to, zda tento důkaz má potenciál prokázat tvrzení žalobkyně.“
[29] Městský soud tomuto závaznému právnímu názoru v napadeném rozsudku dostál. Pochybnosti nově nerozděloval na relevantní a nerelevantní (považoval je ve svém souhrnu za důvodné), přičemž se srozumitelně vyjádřil i k tomu, zda stěžovatelka pochybnosti vyjádřené v daňovém řízení doloženými podklady rozptýlila (opět viz body 44 až 63 napadeného rozsudku). Posoudil rovněž, zda je nutné provést důkaz znaleckým zkoumáním systému Symphony (bod 51 tamtéž). Nejvyšší správní soud ověřil, že toto posouzení důkazního návrhu přiléhavě reaguje na obsah návrhu stěžovatelky z její žaloby (viz s. 12 žaloby), která žádala znalecky zkoumat celý software, nikoli zdrojové kódy „konektoru“ (softwarovou komponentu), jak tvrdí nyní v kasační stížnosti. Městský soud vyjádřil svůj právní názor na projednávanou věc s tím, že vycházel z rozsudku osmého senátu, na což ostatně v napadeném rozsudku sám upozornil (bod 44 tamtéž). Skutečnost, že předestřené důkazy (a s nimi související vysvětlení) v souladu se zásadou volného hodnocení důkazů nevyhodnotil tak, jak si stěžovatelka představovala, a s přiléhavým zdůvodněním neprovedl další důkazy navrhované v soudním řízení, nepředstavuje pochybení vztahující se k hodnocení skutkového stavu. Námitka týkající se vad dokazování a vyhodnocení skutkového stavu tak není důvodná.
IV.d K samotné otázce unesení důkazního břemene stěžovatelkou
[30] Ke sporné otázce v nynějším řízení, tedy zda se stěžovatelce prostřednictvím jejích důkazních návrhů podařilo rozptýlit náležitě vyjádřené pochybnosti daňových orgánů, Nejvyšší správní soud předně připomíná závěry konstantní judikatury k rozdělení důkazního břemene vyplývající z § 92 daňového řádu. Podle nich má každý daňový subjekt povinnost sám daň přiznat (má břemeno tvrzení), ale také povinnost toto své tvrzení doložit (nese břemeno důkazní). Správce daně může vyjádřit pochybnosti týkající se věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem, přičemž jej tíží důkazní břemeno ve vztahu k důvodnosti jeho pochybností. Nemá však povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou zaznamenány v rozporu se skutečností, je povinen prokázat pouze to, že o souladu se skutečností existují vážné a důvodné pochyby (rozsudky NSS ze dne 30. 1. 2008, č. j. 2 Afs 24/2007‑119, č. 1572/2008 Sb. NSS, či ze dne 11. 2. 2021, č. j. 8 Afs 24/2019‑44). Jestliže správce daně pochybnosti prokáže, je znovu na daňovém subjektu, aby prokázal pravdivost, průkaznost, věrohodnost a správnost svých tvrzení ve vztahu ke zkoumanému obchodnímu případu, popřípadě aby svá tvrzení korigoval (rozsudek NSS ze dne 8. 7. 2010, č. j. 1 Afs 39/2010‑124, dále viz rozsudky NSS ze dne 31. 5. 2007, č. j. 9 Afs 30/2007‑73, ze dne 30. 4. 2008, č. j. 1 Afs 15/2008‑100, ze dne 9. 4. 2026, č. j. 7 Afs 93/2025‑57, bod 15, či ze dne 8. 3. 2023, č. j. 6 Afs 213/2022‑43, bod 32). Případné neunesení důkazního břemene daňovým subjektem neznamená, že správci daně vzniká povinnost vyhledat důkazy namísto daňového subjektu (rozsudek NSS ze dne 23. 3. 2016, č. j. 2 Afs 210/2014‑39).
[31] Stěžovatelka v návaznosti na vyslovené pochybnosti správce daně o tom, zda (i) plnění ve formě dodávky dat od STI fakticky probíhalo a zda (ii) za něj bylo této společnosti zaplaceno, opakovaně navrhovala důkazy za účelem unesení důkazního břemene. Městský soud pochybnosti daňových orgánů i stěžovatelkou navržené důkazy a vysvětlení podrobně popsal v bodech 36 až 43 napadeného rozsudku. Nejvyšší správní soud na tento popis odkazuje. Vyhodnocení unesení důkazního břemene stěžovatelky ve vztahu k důvodným pochybnostem je pak obsaženo v následující části napadeného rozsudku. Stěžovatelka proti posouzení městského soudu nad rámec nepřípustné polemiky nad tím, které z důvodně vyslovených pochybností podle ní nejsou s ohledem na specifičnost přenosu dat relevantní (viz část IV.a výše), ohledně unesení svého důkazního břemene z věcného hlediska předložila pouze obecnou argumentaci založenou na apelu na logické uvažování, k čemuž doplnila, že kdyby došlo k provedení jí navrhovaných důkazů, dosáhla by míry pravděpodobnosti potřebné k unesení důkazního břemene.
[32] K tomu Nejvyšší správní soud připomíná, že ze zásady dispoziční uplatňované ve správním soudnictví vyplývá, že správní soudy nemohou za účastníky domýšlet námitky ani dotvářet předestřené námitky (viz např. rozsudek NSS ze dne 9. 4. 2026, č. j. 3 As 75/2025‑27, ze dne 25. 3. 2026, č. j. 21 As 286/2025‑38, či ze dne 29. 5. 2026, č. j. 21 As 9/2026‑35). Je proto odpovědností stěžovatele, aby v kasační stížnosti konkrétně specifikoval skutkové a právní důvody, pro které napadá rozhodnutí městského soudu. Obsah a kvalita kasační stížnosti tedy v zásadě předurčuje nejen rozsah přezkumné činnosti, ale logicky i obsah rozsudku soudu. Pokud stěžovatelka formulovala kasační námitky k podstatě věci samé (v této fázi řízení posuzované otázce unesení stěžovatelčina důkazního břemene) toliko jako nesouhlas s posouzením městského soudu, který doplňuje o spíše obecnou argumentaci, Nejvyšší správní soud může spornou otázku posoudit opět jen ve stejné míře obecnosti, neboť případným překročením mezí vytyčených kasační stížností by se namísto nestranného soudu stal advokátem jedné ze sporných stran.
[33] Apeluje‑li stěžovatelka na logický úsudek tím, že je evidentní, že vstupní data pro její systém nezbytně potřebovala, a současně nebylo prokázáno, že by tato data získávala od jiného dodavatele, z čehož podle ní vyplývá, že k plnění od STI fakticky docházelo, je potřeba s odkazem na výše uvedenou judikaturu upozornit, že daňové orgány nebyly v řízení povinny prokazovat, že data pro systém byla získávána z jiného zdroje, než stěžovatelka deklarovala (a případně z jakého), nýbrž jim k přenesení důkazního břemene zpět na stěžovatelku stačilo vyjádřit důvodné pochybnosti o skutečném přijetí plnění ze strany STI, což se jim podle kasačně závazného rozsudku osmého senátu podařilo. Prokazovat reálný původ vstupních dat nebylo ani úkolem městského soudu, neboť ten měl v dalším řízení navazujícím na rozsudek osmého senátu hodnotit primárně otázku unesení důkazního břemene stěžovatelkou v návaznosti na soubor důvodně vyjádřených pochybností. Městský soud nezpochybňoval, že stěžovatelka vstupní data pro svůj systém potřebovala, avšak zdůraznil, že nedokázala přinést důkazy, které by s dostatečnou mírou pravděpodobnosti dokládaly, že tato data pocházela právě od deklarovaného dodavatele, společnosti STI. Stěžovatelka v kasační stížnosti blíže nevysvětluje, jaké konkrétní důkazy v daňovém řízení měly po vyjádření pochybností vést k unesení jejího důkazního břemene a proč, pouze obecně namítá nesprávné vyhodnocení důkazů a předkládá zdánlivě logickou konstrukci, která však vykazuje rozpor s konstantní judikaturou kasačního soudu ohledně rozdělení důkazního břemene. Za této situace Nejvyšší správní soud nemá věcné posouzení uvedené v napadeném rozsudku za nezákonné.
[34] Co se týče tvrzení stěžovatelky o tom, že důkazy nově předložené v soudním řízení, zejména pak výpověď Ing. B. z trestního řízení, přinášejí spolu s dosavadními důkazy dostatečnou míru pravděpodobnosti o faktické existenci plnění, a tedy i unesení jejího důkazního břemene, Nejvyšší správní soud odkazuje na shora uvedený závěr, že v soudním řízení, jehož předmětem je otázka unesení důkazního břemene, nelze dohánět procesní aktivitu z daňového řízení, a rovněž na to, že posouzení důkazního potenciálu výpovědi svědka Ing. B. bylo ze strany městského soudu provedeno řádně (viz část IV.c výše). Nejvyšší správní soud v kasačním řízení nemá s ohledem na výše citovanou judikaturu žádný prostor spekulovat o tom, jak by daňové řízení hypoteticky dopadlo, kdyby stěžovatelka v daňovém řízení k výzvám správce daně uplatnila další důkazy. Ani námitku k unesení důkazního břemene prostřednictvím nově předložených důkazů tak nelze považovat za důvodnou.
IV.e K problematice „obživlého“ a pozdějšího rozhodnutí žalovaného v téže věci
[35] Nejvyšší správní soud závěrem dodává, že stěžovatelka v kasační stížnosti zdůraznila i to, že žalovaný po prvním rozsudku městského soudu, kterým bylo zrušeno jeho rozhodnutí, změnil dodatečný platební výměr v její prospěch (rozhodnutí žalovaného č. j. 21716/24/5200‑11431‑712032), přičemž o daňové povinnosti již není možné znovu rozhodnout kvůli uplynutí prekluzivních lhůt. Potvrzení napadeného rozsudku by tak podle ní znamenalo definitivní zásah do jejích práv. Jakkoli nejde o projednatelnou kasační námitku, neboť se jedná toliko o obecné a nekonkrétní vyjádření (konstatování určitého procesního stavu po opakovaném rozhodování správních soudů) nesměřující proti závěrům krajského soudu (§ 104 odst. 4 s. ř. s.; srov. např. rozsudek NSS ze dne 15. 11. 2023, č. j. 6 As 202/2022‑25, či ze dne 26. 3. 2026, č. j. 2 As 1/2025‑35), kasační soud považuje za potřebné se k ní nad rámec nutného odůvodnění stručně vyjádřit, neboť problém případné koexistence dvou rozdílných rozhodnutí žalovaného o téže věci má zásadní vliv na právní jistotu účastníků řízení.
[36] Usnesením ze dne 24. 4. 2007, č. j. 2 Ans 3/2006‑49, č. 1255/2007 Sb. NSS, rozšířený senát Nejvyššího správního soudu správním orgánům (správce daně nevyjímaje) stanovil povinnost, aby v případě zrušujícího rozsudku krajského (městského) soudu pokračovaly v řízení a řídily se závazným právním názorem krajského (městského) soudu, bez ohledu na to, zda je ve věci podána kasační stížnost. Tento právní názor je v judikatuře NSS stále zastáván (rozsudky NSS ze dne 9. 6. 2016, č. j. 2 Azs 307/2015‑41, bod 14, nebo ze dne 1. 10. 2021, č. j. 5 As 108/2021‑61, bod 28). Správní orgán tedy musí pokračovat v původním řízení, bylo‑li jeho rozhodnutí zrušeno. V důsledku povinnosti správního orgánu respektovat pravomocný rozsudek krajského (městského) soudu se ovšem správní orgány pravidelně dostávají do situace, kdy sice podají kasační stížnost, ale zároveň musí jednat v souladu s tímto rozsudkem a upravit své jednání, o němž rozhodoval krajský soud, a obvykle tak musí učinit dříve, než bude projednána jejich kasační stížnost. Takový postup nezřídka vede k existenci vedle sebe stojících protichůdných rozhodnutí v téže věci. Procesní situace, kdy žalovaný správní orgán na základě pravomocného rozsudku krajského (městského) soudu vydá ve správním řízení znovu rozhodnutí, které posléze nabude právní moci, následně Nejvyšší správní soud tento rozsudek krajského soudu zruší a věc mu vrátí k novému projednání, jistě není žádoucí. O žalobě je však třeba znovu rozhodnout v souladu se závazným právním názorem NSS, což znamená „obživnutí“ původně zrušeného rozhodnutí správního orgánu. Rozsudkem Nejvyššího správního soudu, který vyvolává účinky „obživnutí“ rozhodnutí o odvolání dříve zrušeného krajským (městským) soudem, nedochází ke stanovení daně, ale pouze k obnovení účinků původního rozhodnutí o stanovení daně (viz rozsudek NSS ze dne 11. 10. 2023, č. j. 1 Afs 275/2022‑43, nebo ze dne 12. 6. 2025, č. j. 9 Afs 42/2025‑32).
[37] Na tuto procesní situaci reagoval dále zákonodárce přijetím § 124a daňového řádu. Podle něj platí, že dojde‑li v řízení o kasační stížnosti ve správním soudnictví ke zrušení pravomocného rozhodnutí krajského soudu, na jehož základě bylo správcem daně vydáno nové rozhodnutí ve věci v souladu s právním názorem krajského soudu, stává se toto rozhodnutí neúčinným dnem nabytí právní moci nového rozhodnutí krajského soudu, kterým je žaloba zamítnuta nebo ve kterém dojde ke změně právního názoru oproti zrušenému pravomocnému rozhodnutí krajského soudu.
[38] V nynější procesní situaci tedy došlo v návaznosti na rozsudek osmého senátu k „obživnutí“ dříve zrušeného rozhodnutí žalovaného (č. j. 28994/20/5200‑11431‑712032), jehož se týká i toto kasační řízení, přičemž ze zákona nastala po pravomocném zamítnutí žaloby městským soudem též neúčinnost pozdějšího změnového rozhodnutí žalovaného (č. j. 21716/24/5200‑11431‑712032). S ohledem na nepřípustnost dalších opravných prostředků nynější rozsudek Nejvyššího správního soudu představuje definitivní řešení sporné otázky před obecnými soudy, přičemž s ohledem na výše uvedené závěry nevyvolávají právní účinky dvě různá rozhodnutí žalovaného, vyvolává je pouze původní rozhodnutí žalovaného č. j. 28994/20/5200‑11431‑712032 (ve spojení se shora uvedeným dodatečným platebním výměrem). Ve věci tak není potřebné vydávat další správní rozhodnutí (a při něm zohledňovat běh prekluzivních lhůt), neboť jde o věc pravomocně rozhodnutou.
V. Závěr a náklady řízení
[39] Nejvyšší správní soud na základě shora uvedených závěrů neshledal kasační stížnost důvodnou, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1 s. ř. s.).
[40] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 a odst. 7 s. ř. s. za použití § 120 s. ř. s. Stěžovatelka nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, tudíž nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti nevznikly.
Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 19. června 2026
Milan Podhrázký
předseda senátu
Hlavní stránka ·
Zásady ochrany osobních údajů ·
Smluvní podmínky